南麂島地處亞熱帶，海洋的自然環(huán)境條件優(yōu)越，特色鮮明。1990年9月經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)列為我國(guó)首批五個(gè)國(guó)家級(jí)海洋類型自然保護(hù)區(qū)之一，1998年12月又成為我國(guó)目前惟一納入聯(lián)合國(guó)教科文組織世界生物圈保護(hù)區(qū)網(wǎng)絡(luò)的海洋類型自然保護(hù)區(qū)。它是一個(gè)以保護(hù)海洋生物多樣性為目標(biāo)、以海洋貝藻類及其生態(tài)環(huán)境為主要對(duì)象的特定海洋生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)區(qū)。南麂列島長(zhǎng)期受海浪和潮汐的侵蝕和沖擊，基巖裸露，且多呈陡崖峭壁。列島岸線曲折，岬角叢生，海灣眾多。地貌形態(tài)則以海蝕地貌為主，海積地貌不甚發(fā)育。 南麂列島遠(yuǎn)離大陸，海水清澈，含沙量低，海域底質(zhì)以粉砂質(zhì)粘土為主，海底地形自西向東南下傾，水深一般在15m-25m之間，南麂島東北和西南兩側(cè)為深水通道，其水深在30m以上，最深處達(dá)45m。南麂島為主島，位于列島中央，其地理坐標(biāo)為27°27′N，121°05′E，西至大陸最近點(diǎn)45km。該島呈東南——西北走向，全長(zhǎng)約5.3km，東西最寬處3.3km，最窄處僅150m；面積為7.64km2，最高點(diǎn)海拔229m,岸線長(zhǎng)24.8km，有大沙岙、火炬岙和馬祖岙、國(guó)姓岙4個(gè)海灣，分置于東南和西北兩個(gè)方向，以致南麂島形似奔麂狀而得名。