創(chuàng)建于1959年，1980年遷至現(xiàn)館址—崇明學(xué)宮，并于1987年對外開放。崇明學(xué)宮系明清時期的古建筑群，在修復(fù)了主體建筑后；1999年12月28日，崇明縣博物館新館在此基礎(chǔ)上建成開放。目前的基本陳列是《崇明島史與古船陳列》和《崇明民俗陳列》。