圣保羅教堂位于馬六甲河口的升旗山（又名西山，滿刺加國王拜里迷蘇拉曾將明成祖贈送的金龍文箋在山上勒石樹碑，后改名為圣保羅山），建于1521年，為葡萄牙人所建。著名傳教士圣方濟各埋葬于此，教堂前豎有圣芳濟各神父塑像。1670年荷蘭人占領馬六甲后，將教堂用作城堡，今天在外墻上仍可見到不少子彈孔。1753年，荷蘭人另建了一座教堂，而圣保羅教堂則做為荷蘭貴族的墓地，現(xiàn)在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂內(nèi)有一墓穴，是1553年圣芳濟各的臨時墓地。