總統(tǒng)府，迄今已有600多年的歷史。明朝初年曾是歸德侯府和漢王府。清朝為江寧織造署、江南總督署、兩江總督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南時(shí)均以此為“行宮”。1853年3月太平軍占領(lǐng)南京，定都天京，洪秀全在此興建了規(guī)模宏大的太平天國(guó)天朝宮殿（天王府）。清軍攻破南京后，焚毀宮殿建筑，于同治九年（1870）重建了兩江總督署。林則徐、曾國(guó)藩、李鴻章、劉坤一、沈葆楨、左宗棠、張之洞、端方等均任過(guò)兩江總督。1911年10月辛亥革命爆發(fā)后，1912年1月1日，孫中山在此處宣誓就任中華民國(guó)臨時(shí)大總統(tǒng)，并組建了中國(guó)歷史上第一個(gè)共和制的國(guó)家政權(quán)──中華民國(guó)臨時(shí)政府。

1912年4月，臨時(shí)政府結(jié)束，在這里成立了以黃興為留守的南京留守府 ；1913年“二次革命”中 ，又成為討袁軍總司令部，黃興、何海鳴先后任司令。1913年至1927年，這里先后成為江蘇都督府、江蘇督軍署、江蘇將軍府、江蘇督辦公署、副總統(tǒng)府、宣撫使署、五省聯(lián)軍總司令部、直魯聯(lián)軍聯(lián)合辦事處等機(jī)構(gòu)。軍政主官有程德全、張勛、李純、齊燮元、盧永祥、馮國(guó)璋、孫傳芳、楊宇霆、張宗昌等人。1927年4月南京國(guó)民政府成立后不久，即于9月移駐這里辦公。1928年10月，國(guó)民政府實(shí)行"五院制"，辟國(guó)民政府東院（東花園）為行政院辦公處 ，國(guó)府西院（西花園）為國(guó)民政府參謀本部和主計(jì)處。至1937年11月，譚延闿、蔣介石、林森先后任國(guó)民政府主席；譚延闿、宋子文、蔣介石、陳銘樞（代理）、孫科、汪精衛(wèi)先后任行政院長(zhǎng) ；李濟(jì)深、何應(yīng)欽、朱培德、蔣介石、程潛先后任總參謀長(zhǎng)；陳其采為主計(jì)長(zhǎng)。

1937年12月南京淪陷后，國(guó)民政府先后成為日軍第16師團(tuán)部和偽維新政府行政院，以及汪偽政府的立法院、監(jiān)察院和考試院；國(guó)府東院成為偽交通部、鐵道部等機(jī)構(gòu)；國(guó)府西院成為偽軍事參議院。1946年5月，國(guó)民政府"還都"南京后，這里仍為國(guó)民政府所在地。東花園成為國(guó)民政府社會(huì)部、地政部、水利部和僑務(wù)委員會(huì)；西花園則成為國(guó)民政府主計(jì)處、軍令部，總統(tǒng)府軍務(wù)局、首都衛(wèi)戍總司令部。1948年5月20日，蔣介石、李宗仁在"行憲國(guó)大"分別當(dāng)選總統(tǒng)和副總統(tǒng)后，國(guó)民政府改稱總統(tǒng)府。1949年4月23日南京解放，24日，中國(guó)人民解放軍占領(lǐng)總統(tǒng)府。從此，揭開(kāi)了中國(guó)歷史新的一頁(yè)。

南京解放后的近50年中，總統(tǒng)府一直作為機(jī)關(guān)的辦公場(chǎng)所。 自20世紀(jì)80年代以來(lái)，機(jī)關(guān)單位陸續(xù)搬遷，并于1998年在總統(tǒng)府舊址之上，開(kāi)始籌建南京中國(guó)近代史遺址博物館。經(jīng)過(guò)精心的規(guī)劃和五年的建設(shè)，至2003年已初具規(guī)模。目前，博物館總占地面積為9萬(wàn)平方米，共分三個(gè)參觀區(qū)域。中區(qū)（中軸線）主要是國(guó)民政府、總統(tǒng)府及所屬機(jī)構(gòu)。西區(qū)是孫中山的臨時(shí)大總統(tǒng)辦公室、秘書(shū)處和西花園，以及參謀本部等。東區(qū)主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列，則分布在這三個(gè)區(qū)域中。今天，總統(tǒng)府正以諸多保存完好的近代中西建筑遺存，國(guó)內(nèi)獨(dú)一無(wú)二且厚重的歷史文化氛圍，珍貴的文物和史料，風(fēng)景優(yōu)美的自然環(huán)境，以及近30000平方米的休閑服務(wù)區(qū)，熱情地歡迎來(lái)自全國(guó)和海內(nèi)外的佳賓。